生物安全柜在安防過程中有很多問題要注意，安裝位置不當(dāng)，會造成污染。生物安全柜兩側(cè)、后側(cè)應(yīng)留30 cm，頂部留出足夠30～34 cm的空間；為減少氣流擾動，保證安全柜正常工作，生物安全柜應(yīng)放置在遠離實驗室入口、門窗、暖氣、走道，避開送風(fēng)口，避免外界氣流對柜內(nèi)氣流造成擾動。生物安區(qū)柜放置的房間必須有足夠的送風(fēng)量，Ⅱ級A2排氣量約在700～1200 m3/h，B2則在1000～1600 m3/h,有的型號更高，如果沒有足夠的補充送風(fēng)，生物安全柜所在房間成為高負壓狀態(tài)， 生物安全柜無法正常工作。

    很多實驗室購置Ⅱ級A2生物安全柜后，認為排風(fēng)管道接到室外比排到室內(nèi)安全。其實，生物安全柜排風(fēng)出口帶有過濾器，所排出的氣體被證明是安全的，對室內(nèi)環(huán)境沒有影響；另外，將室內(nèi)舒適工作環(huán)境的潔凈空氣排到室外會大大增加運行成本，因此，除了操作危險度較高的實驗對象或能產(chǎn)生化學(xué)氣味的化學(xué)試劑，安全柜排風(fēng)排到室內(nèi)是安全可行的。